A segunda denúncia do MPF contra os pilotos, por atentado contra a segurança do transporte aéreo nacional, foi apresentada em maio de 2009, com base em laudos que identificaram mais duas condutas que também poderiam ter sido causa do acidente: os pilotos omitiram a informação de que o jato não tinha autorização para voar em uma área tida como espaço aéreo especial e não ligaram em nenhum momento do voo o sistema anticolisão (TCAS).
A procuradora da República, Analícia Ortega Hartz Trindade, explicou que a denúncia dependia da citação dos réus e da apresentação da defesa por escrito.
Primeira sentença de absolvição foi suspensa
Em dezembro de 2008, o juiz federal Murilo Mendes absolveu os dois pilotos de algumas condutas, como negligência na adoção de procedimentos de emergência e eventual falha de comunicação com o Centro Integrado de Defesa Aérea e de Controle de Tráfego Aéreo (Cindacta).
O Ministério Público Federal recorreu ao Tribunal Regional Federal da 1ª Região (TRF-1) contra a decisão. A absolvição foi cassada, e o processo voltou à Justiça Federal de Sinop.
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